有带清洗架的隔膜压滤机，可拆卸滤布，利用清洗架自动清洗滤板表面。没有清洁装置的机器可以使用手动高压清洁泵进行清洁，对于一些对酸或钙敏感的顽固污垢或沉淀物，可以取下滤板，浸泡在相应的溶液中，然后用上述方法清洁。
流道中的某些材料不易清洁，只能手动或机械或化学辅助清洁。
清洗压滤机滤板。明流单向洗涤是洗涤液从止推板的洗涤液进口孔依次进入，经过滤布，再经过滤饼，从无孔滤板流出。出口喷嘴处于关闭状态，非穿孔板的出口喷嘴处于打开状态。
明流双向冲洗是指洗液从止推板上方两侧进入孔内，连续冲洗两次，即从一侧冲洗，然后从另一侧冲洗。洗液的出口与入口相同。角线的方向，所以也叫双向交叉洗涤。
潜流单向清洗是指洗液从止推板的洗液进口孔依次进入多孔板，通过隔膜压滤机的滤布，然后通过滤饼，从无孔滤板流出。潜流双向冲洗是指洗液连续两次进入挡板上侧的两个孔，即先从一侧冲洗，再从另一侧冲洗，洗液出口为对角方向，也称为潜流双向交叉冲洗。
